秦始皇统一六国以后, 采取了一系列的措施, 以便加强中央集权.在完成政治上的诸多加强控制的举措之后, 秦始皇便开始了精神上的控制.公元前213年, 秦始皇在咸阳宫为群臣及众多的儒生大排酒宴.在宴会上, 围绕着是否实行分封制, 众多儒生之间发生了激烈的争论.丞相王绾、博士生淳於越等人主张实行分封, 而丞相李斯等则赞同郡县制, 并指责淳於越等"不师今而学古", "道古以害今".最后秦始皇支持李斯的观点, 并采用、实施李斯的"焚书"建议, 下令: 除了秦纪(秦国史书)、医药、卜筮、农书以及国家博士所藏《诗》、《书》、百家语以外, 凡列国史籍、私人所藏的儒家作品、诸子百家著作和其他典籍, 统统按时交官焚毁.同时, 禁止谈及《诗》、《书》和"以古非今", 违者定当严惩乃至判其死罪.百姓如想学一些法令, 可拜官吏为师.从這一点來看, 焚书的举动秦始皇肯定做过.
秦始皇称帝以后, 力求长生不老, 迷恋仙道, 不惜动用重金, 先后派徐福、韩众、侯生、卢生等人寻求仙药.侯生与卢生当初是秦始皇身边的方士, 由於长期为秦始皇求仙人和仙药, 却始终没有找到, 而心急如焚, 忐忑不安.依照秦国的法律, 求不到仙药就会被处死.因此他們深发感慨: 像這样靠凶狠残暴而建立威势并且贪婪权势的人, 不值得給他求仙药.於是, 侯生、卢生悄悄地远走他乡.
這件事使秦始皇十分恼怒, 於是他下令, 对所有在咸阳的方士进行审查讯問, 欲查出造谣惑众的侯生、卢生兩人.方士們为保全自己的性命, 只得相互告发, 秦始皇最后把圈定的460余人, 都在咸阳挖坑活埋.
秦始皇的"坑儒"是"焚书"的继续.至於坑杀的人究竟是方士还是儒生, 学术界各持己见.从分析"坑儒"事件的起因看, 秦始皇所坑杀的人应该是方士; 但从长子扶苏的进谏"众儒生都学习孔子的学說"來看, 秦始皇所坑杀的又好像是儒生.
而且东汉卫宏在《诏定古文官书序》中记载, 秦始皇在骊山温谷挖坑用以种瓜, 以冬季瓜熟的奇异现象为由, 诱惑博士诸生集於骊山观看.当众儒生争论不休、各抒己见时, 秦始皇趁机下令秘杀填土而埋之, 七百多名儒生全部被活埋在山谷里.於是有人便根据這一点而偏向於传统的說法, 认为秦始皇确实有过"坑儒"的行为.
但有人研究诸史籍, 认为"焚书"有之, "坑儒"则无, 实是"坑方士"之讹."坑方士"事见始皇三十五年, 因为侯、卢二人求仙药不成, 他們惧"秦法不得兼方, 不验辄死", 骂了秦始皇一番后逃走.既然事端由方士引起, 那么就只能是"坑方士", 当然不能說被杀的四百六十余人中没有儒生, 而全是方士, 但是由其代表人物可推知, 被杀的主体应该是方士, 而被杀的原因更与儒家的政治主张和学派观点无关.所以即使被杀者有儒生, 也并非因其为儒生而得罪, 总是与方士們有某种牵连之故.因此绝无理由說秦始皇"坑儒".尽管秦始皇早因"坑儒"之举背上千古骂名, 然而, 直到今天, 秦始皇究竟有没有"坑儒"這一谜团还是没有解开.
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