对於载淳的死因, 众說纷纭, 有的說载淳是死於天花, 有的說是死於梅毒.
近來, 在清代档案中发现了属於清代皇帝脉案档簿(以下简称"脉案")的《万岁爷进药用药底簿》一份.
据记载, 载淳於同治十三年十月三十日得病卧床.当天下午, 太医院判李德立和御医庄守和诊断, 结果是: "脉息浮数而细.系风瘟闭來, 阴气不足, 不能外透之症, 以致发热头眩, 胸滿烦闷, 身酸腿软, 皮肤发出疹形未透, 有时气堵作厥."御医只请第一次脉就能做出上述的明确诊断, 主要是因为载淳之病來势很凶, "疹形"表发得较显著.御医对此开出了用生地、元参、牛蒡子、芦根等十二味药配制的"益阴清解饮", 进行避风调理.同治仅服了一次药, 效果便显出來了.第二天早上, 夹杂着瘟痘的疹形即透出, 也不似昨日那样烦闷堵厥了.但是, 疹痘初发, 未至出透, 致使"瘟热熏蒸肺胃, 以致咽喉干痛, 胸滿作呕, 头眩身热, 气颤谵言".御医议用"清解利咽汤"对此进行调理.巳初三刻服药后, 效果明显, 是日午刻即"脉息浮洪, 头面周身疹中夹杂之痘颗粒透出".
這样, 经御医們精心医治护理不足兩天, 痘颗虽然开始表发了, 有些症状也有减退的迹象, 但是由於瘟热毒滞过盛, 以致头面、颈项发出的痘粒很稠密, 而且痘颗颜色紫滞, 又有咽痛作呕, 身颤口干, 便秘溺赤之内症.很明显, 痘料透出后过盛的毒滞并没完全随之表发出來, 最后用药无效, 以致於身亡.
根据這些记载, 有人便认为同治是死於天花, 但這些记载只是宫廷里的片面记载, 而民间的大多传闻却說同治帝是死於梅毒.
在一些正规学术著作里都记载着同治帝微服出宫, 嬉戏游乐, 甚至出入烟馆妓院的故事, 如萧一山所著《清代通史》中就有同治因出游而患梅毒终致死亡的记载.
据记载, 同治帝与皇后阿鲁特氏相亲相爱, 但慈禧太后不喜欢阿鲁特氏.慈禧开始常命皇后等人陪她看戏.但皇后文静、不爱热闹, 每次看到男女私情, 则面壁而坐.慈禧本來对皇后就不滿意, 這样就更加不喜欢她了.皇后多次受责怪, 依旧我行我素, 慈禧便觉皇后故意不給她面子.而皇后对同治帝则是笑脸相迎, 慈禧更认为她狐媚惑主, 於是限制同治帝宠爱皇后, 强令其移爱慧妃.而同治偏偏讨厌慈禧所喜欢的慧妃.於是, 同治帝与太监佞臣常常微服外出寻花問柳.但同治怕臣下看见, 不敢去京中较大的妓院名楼, 专门找隐蔽的小妓院、暗娼等处.起初, 人們对他的身份毫无所知, 后來知道了也佯装不知.
一些王公大臣注意到同治帝微行纷传於内外, 屡次劝谏同治而毫无成效.一次, 同治帝对醇亲王奕当面劝谏一再抵赖, 醇亲王只好把时间、地点一一指明, 同治帝却一再追問他消息的來源.
虽然這些传闻的真实性还有待考证, 但這些传闻传扬甚广, 而同治帝又死得可疑, 因此許多人怀疑他死於梅毒也就不奇怪了.
据說, 载淳从烟花巷院染上梅毒, 开始时毫无察觉, 后來脸面、背部显出斑点, 才召太医诊治.御医一见大惊, 不知如何是好, 因此请命於慈禧.慈禧传旨, 向外界宣布說皇上只是染上天花.於是, 御医們按照出痘的医法开药, 没有效果.皇帝大怒, 责問: "为何不按我的病医治我?"太医回奏: "太后命之."而且《翁同和日记》中记载說: "风声过大, 且非兩宫圣意."载淳愤恨不已.梅毒在当时是绝症, 以天花治之, 显然是为了掩盖丑闻, 以免丢皇家脸面.所以同治后來就日益病重, 下部溃烂而死.
同治究竟是死於天花还是死於梅毒, 這兩种說法各有各的來源, 而且都能找出各自的证据, 让人难以辨明, 遂成清宫又一疑案.
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